Pada Tahun 2017 Jemaat Batam Mas meninjau lokasi di Kav. Sambau di Nongsa sebagai tempat untuk Cabang Sekolah Sabat, namun saat itu juga Bpk. L. Situmorang (salah satu Pioneer Jemaat Batam Mas) mengusulkan sebuah lokasi yang ada di daerah punggur untuk menjadi Cabang Sekolah Sabat (saat berbincang dengan DPR, Dibawah Pohon Rindang, sebutan untuk bapak-bapak anggota Jemaat Batam Mas yang suka berbincang dibawah pohon sebelah gedung Gereja Jemaat Batam Mas).

Pada Tahun 2018 Pdt. Horas Hutapea (Gembala Jemaat Batam Mas setelah Pdt. Urbanus Sinambela) bersama dengan anggota Majelis memutuskan untuk memulai pembangunan Cabang Sekolah Sabat yang berlokasi di Punggur, dengan Panitia Pembangunan; Bpk. P. Simbolon (salah satu Pioneer Jemaat Batam Mas) sebagai Ketua Pembangunan, Bpk. Ramson Simbolon sebagai Bendahara, dan Ibu Eva Sianturi sebagi Pelaksana. Peletakan Batu Pertama pun dilakukan pada tanggal 5 Agustus tahun 2018.

Tahun berikutnya, tahun 2019 Panitia Pembangunan masih tetap melakukan pengumpulan dana meskipun pembangunan sempat terhenti karena kendala dana. Tahun 2020 Pdt. Erlingson Pakpahan (Gembala Jemaat setelah Pdt. Horas Hutapea) dan Majelis Gereja kembali memilih Panitia Pembangunan Cabang Sekolah Sabat dengan Bpk. J. Kumendong sebagai ketua, Bpk. Ramson Simbolon sebagai Bendahara, dan Ibu Eva Sianturi sebagai Sekretaris. Panitia bersama anggota Jemaat Batam Mas tetap berkomitmen untuk mengumpulkan dana, hingga bulan Desember tahun 2021, diputuskan untuk melanjutkan Pembangunan Cabang Sekolah Sabat di Punggur. Pembangunan pun kembali dilakukan pada awal tahun 2022, hal ini tak lepas dari bantuan warga sekitar yang memberikan bantuan berupa air bersih dan listrik selama pembangunan dilakukan. Pada bulan Desember tahun 2022, pembangunan lantai 1 pun hampir selesai.

Pada bulan Januari tahun 2023, Pdt. Erlingson Pakpahan dan Majelis Jemaat memutuskan untuk melakukan pembukaan Cabang Sekolah Sabat di Punggur, tepatnya pada tanggal 11 Februari 2023 yang bertepatan dengan Acara Ulang tahun Jemaat GMAHK BatamMas, dengan mengundang perwakilan GMAHK se-Batam dan Pemerintah setempat. Lalu pada tanggal 27 Januari tahun 2024, Cabang Sekolah Sabat Permata Punggur diorganisasikan menjadi GMAHK Jemaat Permata punggur dengan mengundang kembali perwakilan GMAHK se-Batam dan Pemerintah setempat.